今の一般的な3DCADには、ダイレクト編集機能がついていると思いますが、
Fusion360も同じように、面を押したり引いたりして形状を修正できます。
またフィレット部、面取り部を削除すると自動的に面を修正してくれます。
更にTスプライン機能をつかい有機的な形状にすることも可能です。

 f

もちろん複雑な形状になるとダイレクト編集はエラーとなります。
本格的となると、SolidEdgeのシンクロナステクノロジーやspaceclaimになってくるかとは思いますが、
無償・安価なFusion360でも最低限のことはできそうです♪